Prvi so o zgradbi snovi razmišljali že stari Grki.

Raznovrstne snovi, ki jih srečujemo v vsakdanjem življenju, so sestavljene iz posamičnih atomov, ki jih je vsega nekaj deset različnih vrst. Obstoj takšnih delcev so prvi predlagali v 6. stoletju pr. n. št. grški filozofi, vendar je predlog utonil v pozabo, dokler ga ni v 18. stoletju oživil Bošković, zares pa je zaživel, ko je Dalton predlagal njegovo uporabo v kemiji.

Bošković je svojo teorijo zasnoval na Newtonovi mehaniki in jo leta 1758 objavil pod naslovom Theoria philosophiae naturalis redacta ad unicam legem virium in natura existentium. V njegovi teoriji so atomi točke brez notranje zgradbe, ki med seboj delujejo z odbojnimi in privlačnimi silami, odvisno od razdalje. Dalton je s teorijo o atomih pojasnil, zakaj se plini vedno spajajo v celoštevilčnih deležih. Šele Avogadro pa je v 19. stoletju začel pravilno razlikovati med atomi in molekulami.

Prvi model atoma je postavil Joseph John Thomson, ki je odkril, da atomi niso nedeljivi, marveč so sestavljeni iz manjših delcev (elektronov, protonov in nevtronov). Dandanes lahko atome tudi eksperimentalno opazujemo.